Etenkin Helsingin seudulla muutamat henkilöt alkoivat 1950-luvulla kokoontua pieniin keskusteluryhmiin, joihin kuului vanhemman polven vapaa-ajattelijoita ja muun muassa nuoria juristeja, lääkäreitä ja luonnontutkijoita. Puheiden perusteella pienryhmät saivat tietoa toisistaan. 1960-luvun alussa alettiin kokoontua vakinaisemmin. Innoittajana oli ennen kaikkea Väinö Voipio, jossain määrin myös Yrjö Kallinen. Tapaamispaikkana oli Vanhan ylioppilastalon Karhu-kabinetti, jossa pidettiin alustuksia sovituista aiheista.

Humanistien ryhmä otti kantaa pakolliseen uskonnonopetukseen kouluissa kirjoittaen asian muutostarpeesta eduskunnalle osoitetun vetoomuksen. Ryhmän ulkopuolelta hankittiin allekirjoittajiksi viitisenkymmentä tunnettua henkilöä, muun muassa Göran von Bonsdorff, Antti Eskola, Jorma Etto, Urpo Harva, Pertti Hemánus, Yrjö Kallinen, Yrjö Koivukari, Sven Krohn, Kari Lagerspetz, Timo K. Mukka, Kullervo Rainio, Paavo Rintala, Arvo Salo ja Klaus Vala.

Muutamat aktiivit olivat yhteydessä IHEU:n (nyk. Humanists International) päämajaan ja neuvottelivat vakinaisen yhdistyksen perustamisesta. Ohjeita saatiin myös 1956 Norjaan perustetulta Human-Etisk Förbundilta. Suomen humanistiyhdistys perustettiin 28.4.1968 Helsingin yliopiston pienessä juhlasalissa yli sadan henkilön läsnä ollessa. Koollekutsujia olivat muiden muassa puheenjohtaja Matti Luoma, Gun Hemming (myöhemmin Gun Väyrynen), Mårten Ringbom, Kalevi Suomela, Jorma Taarna ja Jussi Pikkusaari.

Säännöissä toiminnan tarkoitukseksi määriteltiin kulttuuripoliittisten ja yleisten yhteiskunnallisten kysymysten ratkaiseminen kriittisen humanistisen asennoitumisen pohjalta. Yhdistyksen piti lisäksi edistää ihmiskunnan yhteisetuja sekä suojella ajatuksen vapautta ja yksilön loukkaamattomuutta antamatta etusijaa millekään poliittiselle puolueelle tai uskontokunnalle tai suosimatta mitään autoritaarista aatetta. Pian rekisteröimisen jälkeen yhdistys hyväksyttiin ulkojäseneksi Kansainväliseen humanistiseen ja eettiseen liittoon.

1970-luvun lopulle saakka yhdistyksen toiminta rajoittui muutamiin pääkaupungissa vuosittain järjestettyihin keskustelutilaisuuksiin ja monistettujen kirjeiden lähettämiseen. Jäsenmäärä ei noussut edes neljäänkymmeneen. Yhdistys suomensi vuonna 1973 julkistetun Humanistinen manifesti II:n mutta ei saanut levitettyä yleisten tiedotusvälineiden kautta sisältöä laajempaan tietoisuuteen.

Tilanne alkoi muuttua vuodesta 1982 lähtien osaksi uuden puheenjohtajan Jussi Pikkusaaren toiminnan ansiosta. Yhdistyksen johtokunta alkoi järjestää vuosittain kaikille avoimia Humanismin päiviä, joille hankittiin aiheiden alustajiksi niihin perehtyneitä henkilöitä. Vuonna 1985 jäseniä oli 94 ja kaksi vuotta myöhemmin 163.

Vuonna 1987 Suomen Humanistiyhdistys muuttui Helsingin humanistiyhdistykseksi, ja yhdessä muutaman muun paikallistason humanistiyhdistyksen kanssa yhdistykset perustivat Suomen humanistiliiton. Liiton puheenjohtajina ovat toimineet muun muassa Jussi Pikkusaari (1982–1992) ja Pekka Elo (1999–2013).

Liiton puheenjohtajina ovat toimineet:

Matti Luoma 1968–1970
Jorma Taarna 1970–1980
Kaarlo Helasvuo 1980–1981
Jussi Pikkusaari 1987–1991
Sirkka Kuikka 1992–1993
Gun Väyrynen 1993–1999
Pekka Elo 1999–2013